Depuis le 1er janvier 1994, l'École des Ponts ParisTech est un grand établissement (au sens de l’article L. 717-1 du code de l’éducation) placé sous la tutelle du Ministère de l’Environnement, de l'Énergie et de la Mer (MEEM). Elle dispose de la personnalité juridique et de l’autonomie financière propres à favoriser son développement.
L'École est administrée par un Conseil d'administration, composé de 24 membres :
Six membres de droit :
Huit personnalités qualifiées, reconnues pour leur compétence dans les domaines de l'équipement, de l'aménagement, de la construction, des transports, de l'industrie et de l'environnement, nommées par arrêté ministériel, dont trois sur proposition du conseil d'administration et deux sur proposition de l'association des anciens élèves ;
Dix représentants élus dont :
L’École est dotée de deux conseils à caractère consultatif :
Le Conseil d'enseignement et de recherche, présidé par le directeur de l'école, comprend 8 membres de la direction de l'école, 8 représentants du corps enseignant et des chercheurs et 8 représentants des élèves. Ce conseil est consulté sur l'organisation des enseignements et des activités de recherche dans le cadre des orientations générales retenues par le conseil d'administration, sur les modalités de recrutement des élèves, des stagiaires et des auditeurs, sur la sanction des études, les prix et les bourses à attribuer aux élèves, sur le règlement de scolarité ainsi que sur les conditions de nomination des enseignants.
Le Conseil scientifique est composé de vingt personnalités désignées en raison de leur compétence en matière de recherche dans les disciplines de l'École.Ce conseil est chargé de proposer au Conseil d'administration les orientations de la politique scientifique de l'École. Il évalue périodiquement les travaux réalisés dans les centres de recherche. Il peut être consulté sur toute question ayant trait au fonctionnement des centres de recherche et aux formations doctorales. Le directeur de l'École et le directeur de la recherche assistent aux réunions de ce conseil.
L'École des Ponts ParisTech est membre fondateur de deux communautés d'universités et d'établissement :